A carência de pesquisas histórico científicas locais causou uma grande polêmica que envolve a origem da cidade de Guarapari, principalmente nos últimos 20 anos, quando se passou a comemorar uma suposta emancipação política, fixando sua fundação em 1891, ano no qual a antiga vila é elevada a categoria de cidade.
Guarapari é citado pela primeira vez em uma carta do Pe. Jesuíta Francisco Pires ao Provincial do Brasil Pe. Manuel da Nóbrega no ano de 1557. Ela fala, entre outros assuntos, da vinda da tribo do cacique Guarauçu (Araribóia) para cá, por volta do ano de 1555. Alguns pesquisadores consideram equivocadamente essa data como ano de criação da aldeia, mas cabe observar que nenhuma aldeia é oficialmente criada nesse ano. Apenas em 1585 é afundada a Aldeia de Sant’Anna, cujo marco principal é a atual matriz antiga, o que leva a concluir que, oficialmente,
Guarapari passa a existir apenas a partir desse ano. No período anterior, o que se vê é o
estabelecimento de uma tribo aliada que poderia auxiliar no processo de pacificação com os demais nativos da região que resistiam a domínio colonial, mas sem a instalação de uma aldeia ou se quer de uma redução, o que leva a não poder atribuir esse ano como o da fundação da aldeia.
Em 1679 a aldeia é elevada a categoria de Vila pelo donatário Francisco Gil de Araújo, se
tornando a terceira mais antiga do ES e elevada a cidade conforme artigo 1º da lei estadual nº 28 de 1891, o que descarta a possibilidade de uma emancipação, pois nunca pertenceu a outro território do qual tenha que ter se separado, como ocorre com Conceição da Barra, que também se torna cidade pelo artigo 1º da mesma lei, porém se emancipa da vila de São Mateus.
Outra grande confusão está relacionada ao fato Guarapari ter pertencido à comarca de
Anchieta, o que faz com que parte da população acredite que estivemos ligados aos nossos vizinhos. Acontece que, as ligações judiciais não implicam em uma dependência
administrativa, fazendo com que as duas cidades, embora formassem uma única comarca, tivessem administrações diferentes. A comarca de Guarapari é instalada definitivamente em 1949.
