Os rios são as artérias do corpo da Terra. Eles tanto recebem a água do céu e do solo como irrigam o organismo e lhe dão vida. Um rio, por menor que seja, recolhe águas distantes do seu leito pelo leito dos seus afluentes, subafluentes e assim por diante. Eis porque, no bioma da Mata Atlântica, onde o recorte da Ecorregião de São Tomé se situa, as florestas eram mais luxuriantes. As margens dos rios são protegidas por matas, contribuindo para absorver água da chuva, conservá-la e liberá-la para o leito. A vegetação nativa das margens retém o solo, evitando a erosão, a turbidez e o assoreamento, e produzindo alimento para a fauna aquática. Onde há floresta, a biodiversidade é maior.

Na Ecorregião de São Tomé, os principais rios são Itapemirim, Itabapoana, Paraíba do Sul, o complexo hídrico da Lagoa Feia e o Macaé. Entre os rios Itapemirim e Itabapoana, há córregos com nascente, curso e foz nos tabuleiros. O mesmo acontece entre os rios Itabapoana e Paraíba do Sul. Neste trecho, correm também riachos que têm nascente e foz nos tabuleiros. Eles merecem uma abordagem mais detalhada.

Rio Itapemirim nas proximidades da foz

O maior de todos os rios que irrigam a ecorregião é o Paraíba do Sul, com mais de mil quilômetros de extensão e uma grande bacia de irrigação. Conta, no âmbito da ecorregião, com grandes afluentes, como o Pomba, o Grande e o Muriaé. A bacia do Paraíba do Sul é uma das mais ocupadas por atividades econômicas.

Foz do rio Itabapoana

Logo a oeste dele, corre o complexo sistema hídrico formado pelos rios Imbé e Urubu, que desembocam na lagoa de Cima, os três sistemas hídricos no mais antigo terreno geológico da ecorregião. A lagoa de Cima deflui pelo rio Ururaí, que se liga ao Paraíba do Sul pela superfície, através do canal de Itereré, Campos-Macaé, Coqueiros, São Bento e Quitingute, e também pelo lençol freático. Pela superfície, o Ururaí desemboca na lagoa Feia, que recebe também o rio Macabu. Pelo canal da Flecha, construído entre 1942 e 1949, o sistema hídrico desemboca no mar.

Por fim, o rio Macaé, que tangencia o território da ecorregião na extremidade ocidental. De todos os rios mencionados, o que se inclui totalmente no interior da ecorregião é o sistema Imbé-lagoa de Cima-Ururaí-lagoa Feia-canal da Flecha. O Macaé nasce na ecorregião serrana. O Paraíba do Sul banha varias ecorregiões nos estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio de Janeiro.

As bacias hídricas mais associadas à Ecorregião de São Tomé são a do Itapemirim, a do Itabapoana e a do Muriaé. As duas primeiras são independentes, enquanto que a do Muriaé associa-se à do Paraíba do Sul como afluente pela margem esquerda. A do Pomba corre em duas ecorregiões.

Se não demarcam o território da Ecorregião de São Tomé, os rios Itapemirim, Itabapoana e Muriaé contribuíram para configurá-la antes mesmo da chegada dos europeus. Pelos seus leitos e por suas margens, povos do grupo linguístico macro-jê definiam já os limites da ecorregião, ligando o interior à costa. Estes três rios serviram de caminho para a subida de colonos portugueses em direção ao interior, ou seja, em direção ao que futuramente será denominado de Zona da Mata Mineira. Dela, também partiram colonos em direção à costa. Portanto, estes três rios desempenharam fundamental papel na colonização humana da ecorregião, tanto por povos indígenas como por povos europeus.

Rio Muriaé em Itaperuna